La versión popular asegura que al tiempo de la invasión musulmana, los cristianos ocultaron la primitiva imagen de la Virgen en una torre del castillo, donde la descubrió un águila, tras la Reconquista.
Su veneración se remonta hasta el siglo XIII. En la Crónica de XX Reyes, consta que el Santo Rey Fernando III, conquistador de Alcalá, habitó este Castillo entre 1246 y 1248 ocupándose de su reconstrucción. Como era costumbre, el Rey debió cristianizar la mezquita mayor y erigió la primera iglesia alcalareña, consagrándola como era su hábito a Santa María.
Según consta en el Archivo de Palacio Arzobispal, en visita pastoral efectuada en febrero de 1.617 el visitador vincula el nombre de «Águila» con la segunda esposa del Rey San Fernando, Doña Juana de Pointhieu, devota de su onomástico San Juan Evangelista, cuyo símbolo es un águila, incluso una tradición local recogida por Sánchez Gordillo El abad Gordillo ( Siglo XVII) asegura que dio un hijo póstumo a San Fernando y que fue bautizado en esta iglesia. Redacta el visitador en 1617 que «..el retablo del altar mayor es antiguo, de buenas pinturas y dorado, tiene en medio una imagen de Nuestra Señora con quien tienen aquí particular devoción. Llámanla del Aguila.. Hay también que relacionar el nombre con el lugar geográfico, pues en nuestro caso es la denominación de la planicie superior del Castillo, donde sin duda pudo haber águilas avizorando las vegas del Guadalquivir y el Guadaira. Tanto en Sevilla como en Utrera, están también nominados accidentes geográficos, como del Aguila.
No es difícil documentar el titulo en la Biblia, que hace del ave-rey numerosas referencias. En las religiones orientales, el águila significa divinidad. En el Libro de Job (9.26) simboliza la fugacidad de la vida. Aparecen en el cántico de Moisés (Deuter. 32-11), y en boca del propio Yhavé (Éxodo 1.4). La creencia de que el águila transporta a sus hijos sobre sus propias alas, es frecuentemente leída en los libros santos. En Ezequiel, águilas de fuego, mantienen el Trono del Señor (1.10) y en el Apocalipsis, la Virgen con alas de águila, vence al dragón (12-14).
Rescatada Alcalá del dominio islámico, debió ser la única efigie de Nuestra Señora a cuya protección se encomienda la ciudadela, y seguramente única advocación Maríana durante siglos. El arraigo popular de su devoción en Alcalá de Guadaíra es absoluto. Era el propio Ayuntamiento quien organizaba las fiestas patronales. Los alcaldes al tomar posesión, juraban defender la pureza de María. Hay procesiones rogativas en épocas de calamidades, sequías, pestes, guerras..
En la crónica de los XX Reyes, escrita en el siglo XIII por Alfonso X el Sabio, se informa que durante la reconquista, los Cristianos dedicaban a Santa María la principal mezquita musulmana, hecho que practicó especialmente Fernando III el Santo.
En la primera distribución de parroquias hispalenses efectuada en 1262 por el Obispo D. Remondo de Losana, este templo adquiere los fueros y privilegios de Iglesia Mayor, pues Alcalá aparece como una collación de Sevilla. Para la rápida construcción de todas ellas -San Esteban, Santa Catalina, San Román, San Gil, Santa Marina, San Marcos, San Vicente, etc..- se aceptó un nuevo estilo, más funcional que el gótico, e islamizado, que hoy conocemos como mudéjar, ejecutado por alarifes formados bajo los musulmanes, si bien en todos los casos, la Capilla Mayor por motivos religiosos, se labra en piedra, y con traza gótica.
La iglesia de Santa María del Águila, se construyó con dinero público, del Tesoro de Castilla, no eclesiástico, por lo que durante siglos fue considerada Patronato regio, interviniendo el Rey en el nombramiento de Párrocos y Beneficiados, régimen de administración y conservación, enterramientos etc. De todas formas, habiendo sido el Castillo alcalareño residencia real no solo de Fernando III, sino de varios reyes medievales posteriores, Santa María debió ser remodelada y embellecida. Sobre la ventana del torreón que antaño albergó la pila bautismal, hay tallada en piedra una sugestiva Flor de Lis, signo de realeza. Lo mismo se diga, durante el tiempo en que la fortaleza perteneció al Marqués de Cádiz, que la reedificó casi totalmente. De esta época se conserva una interesante pintura mural al fresco que encabeza la nave de la epístola, y que constituye un interesante ejemplar de pintura de estilo gótico internacional. (S.XV), muy similar a las existentes en San Isidoro del Campo (Santiponce).
De su antiguo esplendor y riqueza hay evidencias en los Libros de Visitas Arzobispales, donde se describe el artesonado de la techumbre estofado en oro. Hay también constancia, porque fueron catalogadas antes de su destrucción, de varias tablas magnificas ubicadas en el primitivo Altar Mayor atribuidas a Sánchez de Castro y Alejo Fernández, (S. XV); rico vestuario, y antiquísimo ostensorio de plata sobredorada.
Se conserva en el Archivo de la Catedral un libro fechado en 1594, donde el Comisario para la averiguación de Rentas Eclesiástica D. Pedro Montañez de Angulo, realiza una exhaustiva inspección del memorial de bienes y gastos de la fábrica, resultando de su estudio una impresionante dotación de bienes que reflejan su preponderancia sobre las demás en los siglos XIV a XVI. En este año de la Inspección había fundadas 17 capellanías.
La iglesia tuvo feligreses hasta el siglo XVI en que las epidemias de pestes y el fin de la guerra, permitió a la población abandonar el recinto amurallado y descender buscando la comodidad del agua y las riberas del Guadaíra. Pese a ello, las Fiestas Mayores, Oficios de Semana Santa, Procesión del Corpus etc .., siguieron celebrándose hasta final del siglo XVIII en esta iglesia, cuya Cruz parroquial revestida de damasco carmesí, mantiene su preeminencia sobre las demás.
Cuando se discute si debe perder el título de Iglesia Mayor, por haber quedado despoblada, Cristóbal de Monroy imprime su informe Encomio y defensa de la Iglesia Mayor de Santa María del Aguila… que suscriben diez teólogos, alegando: ser esta iglesia, la primera del Arzobispado, después de la de Sevilla, y gozar en su trono la deidad de una Imagen de tanta devoción como es Nuestra Señora del Aguila, imán de los humanos afectos.. Está fechado el 20 de Marzo de 1635, y tuvo virtualidad durante siglo y medio.
Constan algunas obras en 1719 referentes a consolidación de las techumbres, reconstrucción de la sacristía exterior, y reparación de la torre.
En 1791 perdió los fueros y privilegios de «Iglesia Mayor» a favor de Santiago, y con ello el traslado a dicha parroquia de las fiestas mayores..
En 1796, se produjo el desplome de parte de la techumbre de la nave central, pasando el culto y la Imagen de la Virgen a Santiago. El visitador dispuso su total derribo y absorción por Santiago de sus imágenes y rentas; pero el pueblo se opuso frontal y radicalmente, consiguiendo que se rehabilitase el templo y la Virgen volviese a su casa. Concluyeron las obras de reconstrucción hacia 1803.
Con la invasión francesa, la Imagen ha de ser trasladada nuevamente a Santiago, pues el Templo recientemente restaurado se utiliza para acuartelamiento de las tropas napoleónicas causando grandes destrozos en el mobiliario. Del Altar Mayor son expoliadas algunas pinturas.
La reacción se registra en 1891, con la creación de la Hermandad. Párrocos, sacerdotes y seglares, van a dedicar sus esfuerzos a rehacer la casa de la Virgen. Desde entonces la historia de la Hermandad está enlazada con permanentes obras y mejoras en el templo.
En el siglo XX se han realizado tres grandes intervenciones. En 1911, bajo la dirección de Don José Gestoso y Diaz, se acometió un amplio proyecto de reforma artística. Con los sucesos de 1936, la iglesia, a excepción de la Capilla Mayor, quedó reducida a cenizas, siendo reconstruida en 1943. Finalmente hubo otra gran reconstrucción en 1963 cuando debido a la escasa calidad de las maderas utilizadas solo veinte años antes, cedieron nuevamente las techumbres.
La atención del Templo se completa con una vivienda amplia y confortable para el santero, dotada de todos los servicios
La Patrona de Alcalá de Guadaira la Virgen del Aguila volvio a salir por las calles de Alcalá en este 15-Agosto-2017
